В дни первого года Великой Отечественной войны Исполнительный комитет Московского городского совета депутатов трудящихся принял Решение № 38/2 от 29 сентября 1941 года «О строительстве водородно-кислородного завода» в районе Ростокино. Строительство завода «с нуля» шло в тяжелейших условиях, когда враг стоял на подступах к Москве и счет шел даже не на дни, а на часы. В результате героического труда первые кубометры водорода для наполнения аэростатов воздушного заграждения, защищавших небо столицы, были получены в 22.00 7 апреля 1942 года. Именно этот день стал днем рождения Московского электролизного завода (МЭЗ) – прародителя СКТБЭ.
К окончанию Великой Отечественной войны на МЭЗ сложился работоспособный, сплоченный коллектив, при этом получаемые в цехе электролиза водород и кислород нашли применение в различных отраслях народного хозяйства (получение качественных сталей, сварка и резка металлов и т.д.). В этот период в стране были развернуты масштабные работы по искусственным термоядерным реакциям. Составной частью этого процесса стала разработка процессов получения тяжёлой воды. Во исполнение Распоряжения Совета министров СССР № 9694-рс от 9 августа 1946 года «Организация экспериментального завода по производству продукта 180 на базе Московского электролизного завода» на заводе было смонтировано и освоено новое технологическое оборудование, подготовлены квалифицированные кадры. МЭЗ стал удачной основой для создания на его базе опытно-промышленных установок для проведения НИОКР по жизненно важным для обороны и промышленности страны электрохимическим технологиям и аппаратостроению. Поставленная задача выполнялась вплоть до начала 50-х годов.
Во второй половине 50-х годов МЭЗ приступает к разработке технологии и оборудования для очистки воздушных смесей от примесей водорода. На этой основе позже были созданы печи дожигания водорода для аккумуляторных «ям» объектов ВМФ, что во много раз снизило их взрыво- и пожароопасность. Данные технологии с успехом применяются и по сей день. Коллектив МЭЗ начал работу над важнейшим заданием правительства по разработке и изготовлению автоматизированных электрохимических систем. Система, значительно превосходящая по своим показателям существовавшие ранее, была создана. С.Г. Горшков, в то время главнокомандующий ВМФ, так отозвался о ней в одном из своих выступлений: «Для нас это второе, после ядерной энергетики, изобретение!».
Установлен первый серийный экземпляр системы регенерации воздуха ЭРВ-3000-59 на головной атомной подлодке К-137 «Ленинец» проекта 667А «Навага». На заводе сформирован опытный цех органического синтеза. Получен первый дьюар криогенной жидкости. Успешно освоен круглосуточный, постоянно действующий микроанализ технологической схемы – по данному результату МЭЗ стал третьим предприятием в Советском Союзе.
За участие в работах по созданию новой техники коллектив СКТБЭ награжден орденом Трудового Красного знамени.
В соответствии с Указом Президента Российской Федерации № 394 от 21 марта 2007 года СКТБЭ на правах дочерней компании вошло в состав Северного центра судостроения и ремонта (СЦСР), а в его рамках – в состав Объединенной судостроительной корпорации (ОСК).
В рамках диверсификации созданы новые перспективные разработки в области водородной энергетики – системы генерации, накопления и хранения энергии.
СКТБЭ успешно выполняет задачи, стоящие перед предприятием: модернизируются производственная и экспериментальная базы для производства ЭХРВ; повышается качество и надежность выпускаемой продукции; расширена номенклатура изделий; снижена трудоемкость производства при одновременном повышении производительности труда; проведена оптимизация организационно-штатной структуры; поступательно реализуются мероприятия по созданию кооперационных связей; проводится кадровая политика, направленная на обеспечение высококвалифицированными специалистами.